目前，医学领域已经对抗生素的使用十分小心，因为他们已经发现抗生素的使用会对人体产生一定的潜在危害，其中包括过敏反应、对人体的菌群产生破坏、加快细菌的进化，使其出现抗药性等。
值得指出的是，这些副作用显示抗生素并没有对人体的免疫系统产生直接的威胁。而最近，由Broad研究所、MIT和Wyss生物启发研究所的研究团队共同发表的论文表明：在小鼠身上，抗生素可以直接降低小鼠免疫细胞杀死细菌的能力，并激发体内环境向保护细菌上转变。
此前，MIT教授James Collins曾在实验中发现和证明，有几种类型的抗生素会损坏小鼠和人类上皮细胞的线粒体，并且细胞分泌的小分子会对细菌和药物之间的作用产生影响。
基于这一发现，MIT博士后研究员Jason Yang及其团队就提出猜想：抗生素治疗可能是通过改变感染微环境，从而进一步影响细菌和免疫细胞的。
为了进行验证，研究小组采用了常用的环丙沙星抗生素来对感染了大肠杆菌的小鼠进行治疗。实验中，研究人员根据人类可接受的浓度对小鼠进行给药，并将小鼠体内的生物环境变化进行量化处理，以方便记录和研究。
首先，研究团队对小鼠感染后的身体状况进行追踪检测，结果在意料之中，小鼠细胞释放的代谢物使得大肠杆菌对抗环丙沙的能力提高；随后，研究人员用环丙沙对小鼠细胞进行处理，发现被处理后的细胞活性被抑制，并且无法吞噬和杀死大肠杆菌细菌。
所以，结果表明，抗生素治疗确实引起了代谢系统的变化，但不是通过改变感染微环境的，而是直接作用于小鼠的细胞组织。
对此，Collins指出：“一般我们都以为是抗生素影响细菌细胞而改变人体环境的，但这里的实验表明，它们应该是通过影响哺乳动物免疫细胞而影响体内的生物环境的。所以，其实药物治疗对自身的免疫系统起反作用。”
同时，Yang也表示：“抗生素与免疫细胞可以发生直接的作用，这是我们没有想到的。”
