新冠病毒表面最引人注目（在电子显微镜下清晰可见）的刺突蛋白（Spike，S protein）结构模式图、扫描电子显微镜照片和立体图像。这个蛋白的作用是和病毒在细胞表面的受体血管紧张素ACE2分子结合。
上图显示新冠病毒受体血管紧张素－2 （Angiotenson Converting Enzyme－2， ACE2）。除了左下图，其它都源自西湖大学论文和杂志封面（参考文献9）。
五、新冠病毒SARS－CoV－2的“成熟程度”和引起的疾病COVID－19
1、新冠病毒“成熟程度”：
从1901年发现黄热病病毒开始，病毒学已经有120年左右的历史。积累百年以来病毒学、传染病学、免疫学和病理学的知识，2020年左右才完全成型的分子病毒学专家们完全可以得到结论：一个病毒成熟的标志就是形成了准种 （Quasispecies）状态和毒株的毒力之间出现了多样性。而这和传统上病毒“种”的命名、每种病毒基因型和血清型的划分和实际情况密切相关，情况比较复杂。
根据新冠病毒引起的COVID－19的具体病变里有轻症、重症，还有无症状的情况，这一方面已经在全社会形成了共识；而2003年的SARS只有重症一种情况。
1985年提出概念病毒准种（viral Quasispecies）的概念，但分子病毒学大发展后这个概念才越来越受到了重视。
2、病毒准种（Viral Quasispecies）
这个概念最早1985年提出，病毒准种是指许多大量彼此间基因组互有一定差异的病毒群体，其产生的原因是在选择压力和病毒基因组复制时的高突变率而引起的。
一个病毒粒子经过多次复制循环后，就可能形成一个几乎由无限个病毒粒子组成的，基因组相互间高度相似但又有所差别的准种群体。准种临床上的表现就是毒株毒力不同、所致病变有所差异，有轻症、重症、甚至无症状。
李兰娟院士团队的论文，剑桥大学、中科院西双版纳植物园和在《Nature》等杂志上发表的病毒基因组单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）方面的论文也都间接证明了新冠病毒准种存在的事实。
分子病毒学2000年兴起后多个病毒学家提议由准种概念代替病毒种的概念
3、进行过基因型（Genotypes）分类研究的几种病毒的情况和分子人类学方法：
进行过基因型（Genotypes）分类研究的几种病毒，包括HIV、HBV、HCV、人类疱疹病毒等等。
根据HBV囊膜蛋白的抗原性把它分为10个血清亚型，而基因组的基因型目前已知的有A－H 8种，不同基因型之间基因组核苷酸序列的差距高达8％以上。丙肝和HIV病毒不同基因型的基因组核苷酸序列之间的差异高达25－30％，亚型之间的差异也有20％或以上。
基因组特点，再加上刚刚出现不久，所以新冠病毒的变异程度目前还远远低于上述的几种病毒。
我们再看看人类的基因组：陌生人和你的 DNA 之间的差别平均只有0．1％，人类和亲缘关系最接近的黑猩猩的 DNA 的差别只有1．2％。所以，虽然可能不是每一种病毒不同基因型之间的基因组序列差距像前面那几种病毒那样大，但在分子人类学领域经常使用的单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP） 的含义在病毒学里实际上含义非常有限。
4、病毒的变异和命名
病毒学自从1901年黄热病发现以来，已经经过了120年的历程，而分子病毒学大约只有30多年的历史。
病毒的分类一开始就从所引起疾病的病理学和临床症状的角度进行分类，所以病毒分类的问题比较复杂。再比如尽管艾滋病病原HIV不同基因型之间的基因组序列差异较大，但一些关键部位还是高度保守的。另外，全面和系统做过基因型分类的病毒目前还不够多。一般来讲，基因组较大、不分节段和双链的的病毒有可能变异性相对较小，而高等动物分类的主要标准是生殖隔离。
HIV囊膜表面主要蛋白GP160主要功能区，注意C代表保守区、在不同基因型之间高度保守（序列非常接近），V代表变化区、不同基因型之间差异较大。
5、新冠病毒引起的病变
除了最多的肺部病变之外，在重症新冠病毒患者群体内，各种不同的症状和病变也多种多样，包括以脑病变、肾脏病变、心脏、肠道、胆管病变等为主的病例（下图）。由严密的试验证明全身的脉管系统（心脏、血管和淋巴内皮系统）都发生了广泛的病变（上图），这种情况牵扯到全身各个组织器官。
6、新冠病毒后遗症：
这方面的资料还需要时间，因为医学上面对后遗症的解释是原发病变结束6个月及以上的继发病变。不过根据初步资料，COVID－19重症患者痊愈后可能有肺纤维化和肺功能不全（严重者只剩70％）、 体能严重下降、肌肉功能下降、肾脏和肝脏受损甚至衰竭、中枢神经系统后遗症和记忆受损、中青年患者中风、心肌性疾病等。
