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虽然有政策支持，但在实际执行中，医联体这一模式有两个问题。一是对基层医疗机构的服务能力的实质性推动有限。二则是对病人下沉并控制费用的效果也很难体现出来。
第一，医联体作为大医院圈地运动的一个部分，有助于通过基层网络，为大医院吸纳更多病人，尤其在专科上，将优质专家下沉到基层有助于获取更多病人。而由于基层医疗机构服务在硬件和整体治疗团队配合上都能力不足，最终需要治疗的病人还是会转向大医院，因此医联体首先得益的是大医院，而非基层。
在医生的多点执业中，基层机构确实靠大医院的名医获取了一定的客源，但这些患者仍然是冲着在大机构挂不上号、想看名医这些理由而去的，用户忠诚度是向着名医，而非机构，因此只要名医迁移到哪里，病人就会跟到哪里，这对基层吸引病人的能力并没有实质上的提升。
在检验报告互认以及一些医联体展开远程读片、专家会诊等信息互通服务上，基层确实获得了一些能力上的改善，但在人才培养上，能力强的基层医生一旦获得去大医院培训或执业的机会，则会毫不犹豫地离开基层。对大医院来说，去基层带教也帮助他们发掘了一些人才，尤其在三级医院和部分二级专科医院的合作上，一些优秀的二级医院专科人才被吸纳到三级医院中，这些人才对往上流动也是非常积极的，因此从本质上来讲，好人才仍然无法留在基层。
从以上三点总结来说，即医联体模式中最先获利的仍然是大医院，对实质上提升基层实力收效甚微。
第二，医联体对实际控费的意义上到底有多大，一直是一个有争议的问题。目前以医联体为核心的强基层到底在提升基层服务能力和控费上有多少作用，现在还看不到明确的数据。不过，虽然中国市场的医联体数据还不明确，但在美国市场，有与中国医联体类似的ACO（责任医疗组织），最近相关的研究报告显示其对疗效的提升和控费的作用并不强，其主要的价值依然集中在院外，而非医疗开支最大的院内部分。
ACO是“责任医疗组织”（Accountable Care Organization）的简称，责任医疗组织的主要使命是将各个层级的医院和医生，这包括专科医生、家庭医生、康复医生、以及其他医护人员结合在一起，进行医疗服务的协同从而提高医疗质量和病人的疗效最终达到控费目标的集成医疗组织。ACO主要包括两种类型：只有基础医疗（全科＋专科诊所）的ACO，有大医院加诊所的ACO。
ACO主要针对联邦保险计划下的退休人员（Medicare用户），Medicare Shared Savings Program （MSSP） 项目要求参与的ACO能够推动加入的医疗机构的多层级合作，从而降低医疗费用。MSSP会为医疗费用控制良好的ACO给予直接奖励，而对无法满足要求的ACO进行罚款。从实施的具体情况来看，只有基础医疗的ACO具有一定的控费能力，但有大医院参与的ACO都不成功。
而根据Health Affairs最新发布的一份由哈佛医学院完成的报告显示，ACO的控费并不理想。在2012－2014这三年里，参与MSSP的ACO的住院率并没有明显的下降，住院率在2012年和2013年 分别下降了1．6％和0．7％，但在2014年上升了0．3％。报告显示，ACO节约的费用主要源自低风险病人而非高风险病人，这与项目设定的初衷也是相违背的，由于主要的医疗费用都是由高风险病人使用的，ACO本来希望能在高风险病人身上省下更多的费用。事实上，ACO节约的费用更多的集中在降低使用相对价格更高的院外服务项目，这主要包括对SNF（Skilled Nursing Facilities）、门诊服务和家庭护理的使用减少。
虽然没有降低住院率，ACO仍然是有其价值的，特别是在院外服务上降低了费用但提升了服务质量。但与其当初设置的目标仍然有着很大的差距，ACO需要进行适当的调整以激励医院与各个类型的机构共同对高风险病人进行更好的管理。
从美国ACO的发展来看，医疗合作组织的控费能力并不强，其有效性主要集中在院外而非院内，但医疗服务的核心开支还是集中在院内，院外所能节约的费用非常有限，发展院外的核心还是降低院内的开支。因此，从控费角度来看，医联体未来的发展仍需配套有效的措施和工具。
从目前的发展实践来看，医联体对控费的价值并不大。如果是要降低院内的费用，DRG就能有效的推动，这只要支付方改变支付规则即可。如果是要在院外服务上提升，核心还是集中在为出院病人提供术后健康管理，降低再入院率并提升病人的健康能力，这需要支付政策向康复和护理方向倾斜。从根本上来说，医疗费用的大头还是在住院，核心的控费措施应该集中在这一部分，主要依靠支付政策来引导服务模式转变，激励医院和医生主动去管理病人。
