不过，百度医疗事业部的业绩一直表现不佳，微博大V、原丁香园CTO冯大辉在微博上表示，“这个部门一直在做医疗领域的产品和服务的探索，不少人是想做出点有价值的事情来的，不过确实做不出什么来，两三百号人，每年也有一笔不小的费用。在百度这样的公司做内部孵化探索，成功的几率等于零，各种扯淡的事情，人浮于事，正常人都被消耗完了。”在职场应用脉脉上，也有人表示“百度医疗事业部，连续三年是全公司年终系数最低的部门之一”，“医疗事业部是EBG业绩最差的部门”等。
但百度CEO 李彦宏却依旧看好医疗领域，并认为医疗是一个很有潜力的市场，跟百度的关系也非常密切，而且现行的医疗体制有很多不合理之处。并认为百度医生所推出的O2O挂号业务，技术含量并不高。在李彦宏对未来医疗的发展愿景中，他希望百度能利用人工智能技术来进入医疗，甚至参与到更具上游价值的基因检测和新药研发中。
